Tháng 10 năm 2015, Thành phố Hồ Chí Minh thông tin về phương án thiết kế trung tâm hành chính mới qua cuộc thi tuyển trước đó. Theo phương án của công ty Nikken Sekkei (Nhật Bản) được thành phố chọn, các tòa nhà cao tầng của trung tâm hành chính mới sẽ bố trí thành hai khối ở hai bên (một khối nằm phía đường Pasteur và một khối nằm phía đường Đồng Khởi), còn tòa nhà 59–61 Lý Tự Trọng (Dinh Thượng thơ) sẽ được dịch chuyển vào giữa hai khối, nằm ngay phía sau và thẳng trục với tòa nhà 86 Lê Thánh Tôn.[12][13]

Tuy nhiên đến tháng 4 năm 2018, thành phố lại công bố phương án thiết kế khác của công ty Gensler (Mỹ). Theo đó, các tòa nhà phía đường Lý Tự Trọng, trong đó có Dinh Thượng thơ, sẽ bị đập bỏ để xây trụ sở mới với 4 tầng hầm và 6 tầng nổi.[14] Điều này được chính quyền thành phố giải thích là do Dinh Thượng thơ không nằm trong danh mục bảo tồn và đã vấp phải sự phản đối của nhiều người dân và chuyên gia, cụ thể vào tháng 5, một nhóm trí thức trong và ngoài nước đã soạn một bản kiến nghị bảo tồn công trình này để gửi Ủy ban nhân dân thành phố và chỉ trong vòng 24 giờ đã có 2.830 người ký tên.[15] Sau đó thành phố đã tổ chức cuộc hội thảo để đánh giá về giá trị và giải pháp bảo tồn công trình,[7] cũng như mời chuyên gia nước ngoài góp ý phương án bảo tồn.[16] Cuối năm 2019, thành phố quyết định bảo tồn Dinh Thượng thơ theo hướng phủ khối kiến trúc mới lên trên và cải tạo tòa nhà này thành nhà truyền thống Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh.[1]